В сем городе уже несколько месяцев ожидали его Император и Папа как Главу Российской знаменитой Церкви, мужа ученейшего и друга Евгениева. Кроме духовных сановников, Кардиналов, Митрополитов, Епископов, там находились Послы Трапезундские, Иверские, Арменские, Волошские; но, к удивлению Иоанна Палеолога, не было ни Императора Немецкого, ни других Венценосцев западных. Латинская Церковь представляла тогда жалостное зрелище раздора; уже семь лет славный в Истории Собор Базельский, действуя независимо и в противность Евгению, смеялся над его Буллами, давал законы в делах Веры, обещал искоренить злоупотребления духовной власти и преклонил к себе почти всех Государей Европейских, которые для того отказались участвовать в Италиянском Соборе. Однако ж заседания начались с великою торжественностию в Ферраре, в церкви Св. Георгия, после долговременного спора между Императором Иоанном и Папою о местах: Евгений желал сидеть среди храма как глава Веры; Иоанн же хотел сам председательствовать, подобно Царю Константину во время собора Никейского. Решили тем, чтобы в средине церкви, против олтаря, лежало Евангелие; чтобы на правой стороне Папа занимал первое, возвышенное место между Католиками, а ниже его стоял трон для отсутствующего Императора Немецкого; чтобы Царь Иоанн сидел на левой, также на троне, но далее Папы от олтаря. Надлежало согласиться в четырех мнениях: 1) об исхождении Св. Духа, 2) о чистилище, 3) о квасных просфорах, 4) о первенстве Папы. С обеих сторон выбрали ораторов: Римляне – Кардиналов Альбергати, Иулиана, Епископа Родосского и других; Греки – трех Святителей, Марка Ефесского (мужа ревностного, велеречивого), Исидора Российского и юного Виссариона Никейского, славного ученостию и разумом, но излишно уклонного в рассуждении догматов Веры. Пятнадцать раз сходились для прения о Св. Духе: наши единоверцы утверждали, что он исходит единственно от Отца; а Римляне прибавляли: и Сына, ставя в доказательство некоторые древние рукописи Святых Отцов, отвергаемые Греками как подложные. Умствовали, истощали все хитрости богословской Диалектики и не могли согласиться в сей части Символа: выражение Filoque оставалось камнем претыкания. Уже Марко Ефесский гремел против Латинской ереси, и вместо духовного братства ежедневно усиливали дух раздора. Греки скучали в отдалении от домов своих и жаловались на худое содержание: Евгений также, не видя успеха, скучал бесполезными издержками и в конце зимы уговорил Императора переехать во Флоренцию, будто бы опасаясь язвы в Ферраре, но в самом деле для того, что Флорентийцы дали ему немалую сумму денег за честь видеть Собор в их городе.
Нельзя без умиления читать в Истории о последних тайных беседах Иоанна Палеолога, в коих сей несчастный Государь изливал всю душу свою пред Святителями Греческими и Вельможами, изображая с одной стороны любовь к Правоверию, а с другой бедствия Империи и надежду спасти ее посредством соединения Церквей. «Думаю только о благе отечества и Христианства, – говорил он: – после долговременного отсутствия возвратимся ли без успеха, с единым стыдом и горестию? Не мышлю о своих личных выгодах: жизнь кратковременна, а детей не имею; но безопасность Государства и мир Церкви для меня любезны». Митрополит Российский осуждал упрямство Марка Ефесского и других Святителей, говоря: «Лучше соединиться с Римлянами душою и сердцем, нежели без всякой пользы уехать отсюда: и куда поедем?» Виссарион еще убедительнее представлял жалостное состояние Империи. Наконец, по многих прениях, Греки уступили, и согласились, 1) что Св. Дух исходит от Отца и Сына; 2) что опресноки и квасной хлеб могут быть равно употребляемы в священнодействии; 3) что души праведные блаженствуют на небесах, грешные страдают, а средние между теми и другими очищаются, или палимые огнем, или угнетаемые густым мраком, или волнуемые бурею, или терзаемые иным способом; что все люди телесно воскреснут в День суда и явятся пред судилищем Христовым дать отчет в делах своих; 4) что Папа есть Наместник Иисуса Христа и Глава Церкви; что Патриарх Константинопольский занимает вторую степень, и так далее. 6 июля (1439 года) было последнее заседание Собора в Кафедральном храме Флорентийском, где обе Церкви совокупили торжественность и великолепие своих обрядов, чтобы тем сильнее действовать на сердца людей. В присутствии бесчисленного народа, между двумя рядами Папских телохранителей, вооруженных палицами, одетых в латы серебряные и держащих в одной руке пылающие свечи, Евгений служил обедню; гремела музыка Императорская; пели славу Вседержителя на языке Греческом и Латинском. Папа, воздев руки на небо, проливал слезы радости и, величественно благословив Царя, Князей, Епископов, чиновников Республики Флорентийской, велел Кардиналу Иулиану и Архиепископу Виссариону читать с амвона хартию соединения, написанную следующим образом: «Да веселятся небеса и земля! Разрушилось средостение между Восточною и Западною Церковию; мир возвратился на краеугольный камень Христа; два народа уже составляют единый, мрачное облако скорби и раздора исчезло; тихий свет вожделенного согласия сияет паки. Да ликует мать наша, Церковь, видя чад своих, после долговременного разлучения, вновь совокупленных любовию; да благодарит Всемогущего, который осушил ее горькие об них слезы. А вы, верные сыны мира Христианского, благодарите мать вашу Церковь Кафолическую, за то, что Отцы Востока и Запада не устрашились опасностей пути дальнего и великодушно сносили труды, дабы присутствовать на сем святом Соборе и воскресить любовь, коея уже не было между Христианами». Следуют упомянутые статьи примирения и согласия в догматах Веры, подписанные Евгением, осмью Кардиналами, двумя Патриархами Латинскими (Иерусалимским и Градским), осмью Архиепископами, пятидесятью Епископами и другими сановниками; а от имени Греков – Императором, тремя Местоблюстителями престолов Патриарших (ибо Иосиф, Патриарх Константинопольский, скончался за несколько дней до того во Флоренции), семнадцатью Митрополитами, Архиепископами и всеми бывшими там Святителями, кроме одного Марка Ефесского, неумолимого старца, презрителя угроз и корысти. Сведав, что сей твердый муж не подписал хартии, Папа гневно воскликнул: «И так мы ничего не сделали!» – и требовал, чтобы Император или принудил его к согласию, или наказал как ослушника; но Марко тайным отъездом спасся от гонения.