Февраля 12, в Понедельник второй недели Великого Поста, на рассвете, Государь призвал к себе остальных именитых Новогородцев, из каждой улицы по одному человеку: они явились как тени, бледные, изнуренные ужасом, ожидая смерти. Но Царь возрел на них оком милостивым и кротким: гнев, ярость, дотоле пылавшие в глазах его, как страшный метеор, угасли. Иоанн сказал тихо: "Мужи Новогородские, все доселе живущие! Молите Господа о нашем благочестивом Царском державстве, о христолюбивом воинстве, да побеждаем всех врагов видимых и невидимых! Суди Бог изменнику моему, вашему Архиепископу Пимену и злым его советникам! На них, на них взыщется кровь, здесь излиянная. Да умолкнет плач и стенание; да утишится скорбь и горесть! Живите и благоденствуйте в сем граде! Вместо себя оставляю вам Правителя боярина и Воеводу моего Князя Петра Данииловича Пронского. Идите в домы свои с миром!» Еще судьба Архиепископа не решилась: его посадили на белую кобылу в худой одежде, с волынкою, с бубном в руках как шута или скомороха, возили из улицы в улицу и за крепкою стражею отвезли в Москву.
Иоанн немедленно удалился от Новагорода дорогою Псковскою, отправив несметную добычу святотатства и грабежа в столицу. Некому было жалеть о богатстве похищенном: кто остался жив, благодарил Бога или не помнил себя в исступлении! Уверяют, что граждан и сельских жителей изгибло тогда не менее шестидесяти тысяч. Кровавый Волхов, запруженный телами и членами истерзанных людей, долго не мог пронести их в Ладожское озеро. Голод и болезни довершили казнь Иоаннову, так что Иереи в течение шести или семи месяцев не успевали погребать мертвых: бросали их в яму без всяких обрядов. Наконец Новгород как бы пробудился от мертвого оцепенения: 8 сентября все, еще живые, Духовенство, миряне, собралися в поле у церкви Рождества Христова служить общую панихиду за усопших над тамошнею скудельницею, где лежало 10000 неотпетых тел Христианских! (В первом месте стоял нищий старец Иоанн Жгальцо, который один с молитвою предавал мертвых земле в сие ужасное время.) – Опустел Великий Новгород. Знатная часть Торговой, некогда многолюдной стороны обратилась в площадь, где, сломав все уже необитаемые домы, заложили дворец Государев.
Иоанн готовил Пскову участь Новагорода, думая, что и жители оного хотели изменить России. Там начальствовал добрый Князь Юрий Токмаков и жил славный благочестием отшельник Салос (юродивый) Никола: один счастливым советом, другой счастливою дерзостию спасли город. В Субботу второй недели Великого Поста Царь ночевал в монастыре Св. Николая на Любатове, видя Псков, где в ожидании приближающейся грозы никто не смыкал глаз; все люди были в движении; ободряли друг друга или прощались с жизнию, отцы с детьми, жены с мужьями. В полночь Царь услышал благовест и звон церквей Псковских: сердце его, как пишут современники, чудесно умилилось. Он вообразил живо, с какими чувствами идут граждане к Заутрене в последний раз молить Всевышнего о спасении их от гнева Царского, с каким усердием, с какими слезами припадают к святым иконам – и мысль, что Господь внимает гласу сердец сокрушенных, тронула душу, столь ожесточенную! В каком-то неизъяснимом порыве жалости Иоанн сказал Воеводам своим: "Иступите мечи о камень! Да престанут убийства!..» На другой день, вступив в город, он с изумлением увидел на всех улицах пред домами столы с изготовленными яствами (так было сделано по совету Князя Юрия Токмакова): граждане, жены их, дети, держа хлеб и соль, преклоняли колена, благословляли, приветствовали Царя и говорили ему: "Государь Князь Великий! Мы, верные твои подданные, с усердием и любовию предлагаем тебе хлеб-соль; а с нами и животами нашими твори волю свою: ибо все, что имеем, и мы сами твои, Самодержец великий!» Сия неожидаемая покорность была приятна Иоанну. Игумен Печерский Корнилий с Духовенством встретил его на площади у церквей Св. Варлаама и Спаса. Царь слушал молебен в храме Троицы, поклонился гробу Св. Всеволода-Гавриила, с удивлением рассматривал тяжелый меч сего древнего Князя и зашел в келию к старцу Салосу Николе, который под защитою своего юродства не убоялся обличать тирана в кровопийстве и святотатстве. Пишут, что он предложил Иоанну в дар… кусок сырого мяса; что Царь сказал: "Я Христианин и не ем мяса в Великий Пост», а пустынник ответствовал: "Ты делаешь хуже: питаешься человеческою плотию и кровию, забывая не только Пост, но и Бога!» Грозил ему, предсказывал несчастия и так устрашил Иоанна, что он немедленно выехал из города; жил несколько дней в предместии; дозволил воинам грабить имение богатых людей, но не велел трогать Иноков и Священников; взял только казны монастырские и некоторые иконы, сосуды, книги и как бы невольно пощадив Ольгину родину, спешил в Москву, чтобы новою кровию утолять свою неутолимую жажду к мучительству.
Архиепископ Пимен и некоторые знатнейшие Новогородские узники, вместе с ним присланные в Александровскую Слободу, ждали там конца своего. Миновало около пяти месяцев, но не в бездействии: производилось важное следствие; собирали доносы, улики; искали в Москве тайных единомышленников Пименовых, которые еще укрывались от мести Государевой, сидели в главных приказах, даже в совете Царском, даже пользовались особенною милостию, доверенностию Иоанна. Печатник, или Канцлер, Иван Михайлович Висковатый, муж опытнейший в делах государственных – казначей Никита Фуников, также верный слуга Царя и Царства от юности до лет преклонных – Боярин Семен Васильевич Яковлев, Думные Дьяки Василий Степанов и Андрей Васильев были взяты под стражу; а с ними вместе, к общему удивлению, и первые любимцы Иоанновы: Вельможа Алексей Басманов, Воевода мужественный, но бесстыдный угодник тиранства – сын его, Крайчий Феодор, прекрасный лицом, гнусный душою, без коего Иоанн не мог ни веселиться на пирах, ни свирепствовать в убийствах – наконец самый ближайший к его сердцу нечестивец Князь Афанасий Вяземский, обвиняемые в том, что они с Архиепископом Пименом хотели отдать Новгород и Псков Литве, извести Царя и посадить на трон Князя Владимира Андреевича. Жалея о добрых, заслуженных сановниках, россияне могли с тайным удовольствием видеть казнь Божию над клевретами мучителя, без сомнения невинными пред ним, но виновными пред Государством и человечеством. Сии жестокие Царедворцы поздно узнали, что милость тирана столь же опасна, как и ненависть его; что он не может долго верить людям, коих гнусность ему известна; что малейшее подозрение, одно слово, одна мысль достаточны для их падения; что губитель, карая своих услужников, наслаждается чувством правосудия: удовольствие редкое для кровожадного сердца, закоснелого во зле, но все еще угрызаемого совестию в злодеяниях! Быв долго клеветниками, они сами погибли от клеветы. Пишут, что Царь имел неограниченную доверенность к Афанасию Вяземскому: единственно из рук сего любимого Оружничего принимал лекарства своего доктора Арнольфа Лензея; единственно с ним беседовал о всех тайных намерениях, ночью, в глубокой тишине, в спальне. Сын Боярский, именем Федор Ловчиков, облагодетельствованный Князем Афанасием, донес на него, что он будто бы предуведомил Новогородцев о гневе Царском, следственно был их единомышленником. Иоанн не усомнился: молчал несколько времени и вдруг, призвав Вяземского к себе, говоря ему о важных делах государственных с обыкновенною доверенностию, велел между тем умертвить его лучших слуг; возвращаясь домой, Князь Вяземский увидел их трупы: не показал ни изумления, ни жалости; прошел мимо в надежде сим опытом своей преданности обезоружить Государя; но был ввержен в темницу, где уже сидели и Басмановы, подобно ему уличаемые в измене. Всех обвиняемых пытали: кто не мог вынести мук, клеветал на себя и других, коих также пытали, чтобы выведать от них неизвестное им самим. Записывали показания истязуемых; составили дело огромное, предложенное Государю и сыну его, Царевичу Иоанну; объявили казнь изменникам: ей надлежало совершиться в Москве, в глазах всего народа, и так, чтобы столица, уже приученная к ужасам, еще могла изумиться!