Карая великодушие, Годунов с такою же дерзостию наградил злодеяние, дав богатые земли и поместья гнусной мамке Волоховой, жене и дочерям Битяговского; осыпал дарами мужей Думных и всех знатных сановников; ласкал их, угощал обедами роскошными (не мог успокоить одного Клешнина, в терзаниях совести умершего чрез несколько лет Схимником)… Но в безмолвии Двора и Церкви слышен был ропот народа, не обманутого ни следствием Шуйского, ни приговором Святителей, ни судом Боярским: лазутчики Годунова слышали вполголоса произносимые слова о страшном заклании, тайном его виновнике, жалостном ослеплении Царя, бессовестном потворстве Вельмож и Духовенства; видели в толпах печальные лица. Борис, тревожимый молвою, нашел способ утишить оную, в великом бедствии, которое тогда постигло столицу. Накануне Троицы, в отсутствие Государя, уехавшего с Боярами в Лавру Св. Сергия, запылал в Москве двор Колымажный, и в несколько часов сгорели улицы Арбатская, Никитская, Тверская, Петровская до Трубы, весь Белый город и за ним Двор Посольский, слободы Стрелецкие, все Занеглинье: домы, лавки, церкви и множество людей. Кремль и Китай, где жило знатное Дворянство, уцелели; но граждане остались без крова, некоторые и без имения. Стон и вой раздавались среди обширного пепелища, и люди толпами бежали на Троицкую дорогу встретить Феодора, требовать его милости и помощи: Борис не допустил их до Царя; явился между ими с видом любви и сожаления, всех выслушал, всем обещал, и сделал обещанное: выстроил целые улицы, раздавал деньги, льготные грамоты; оказывал щедрость беспримерную, так, что Москвитяне, утешенные, изумленные сими благодеяниями, начали ревностно славить Годунова. Случайно ли воспользовался он несчастием столицы для приобретения любви народной, или был тайным виновником оного, как утверждает летописец и как думали многие из современников? В самых Разрядных книгах сказано, что Москву жгли тогда злодеи; но Борис хотел обратить сие подозрение на своих ненавистников: взяли людей Афанасия Нагого и братьев его, допрашивали и говорили, что они уличаются в злодействе; однако ж не казнили их, и дело осталось неясным для потомства.
Скоро и другой, как бы благоприятный для Годунова случай, великою, неожиданною опасностию взволновав Москву и всю Россию, отвлек мысли народа от ужасной Димитриевой смерти: нашествие варваров. Маня Феодора уверениями в дружестве, Хан Казы-Гирей сносился с Королем Шведским, требовал от него золота, обещал сильным впадением поколебать Москву и действительно к тому готовился, исполняя приказ Султана, врага нашего, и будучи сам недоволен Россиею: во-первых, он сведал, что мы тайно известили Литовских Панов о намерении его снова идти на их землю и предлагали им общими силами воевать Тавриду (о чем, вероятно, дал ему знать Король Сигизмунд); во-вторых, Феодор не отпустил Царевича Мурата к Хану, который убедил сего племянника забыть старое и хотел сделать Калгою, или главным Вельможею Орды Таврической: Мурат жил в Астрахани, неизменно усердствовал России, обуздывал Ногаев и, к искреннему сожалению Феодора, скоропостижно умер, испорченный, как думали, подосланными к нему из Крыма злодеями; но Хан утверждал, что россияне ядом отравили Мурата, и клялся отмстить им. Третиею виною Казы-Гиреева ополчения на Россию была мысль его Князей, что каждый добрый Хан обязан, в исполнение древнего обычая, хотя однажды видеть берега Оки для снискания воинской чести: то есть они желали Русской добычи и верили бывшему у них послу Шведскому, что все наше войско занято войною с Королем его. Мы всегда имели друзей и лазутчиков в Крыму, чтобы знать не только действия, но и все замыслы Ханов; в сие время находились там и гонцы Московские: следственно Хан не мог утаить от нас своего вооружения чрезвычайного; но умел обмануть: уверил бдительного Правителя, что идет разорять Вильну и Краков; назначил знатное Посольство в Москву для заключения союза с нами; требовал, чтобы и Царь немедленно прислал к нему кого-нибудь из первых сановников. Между тем все Улусы были в сильном движении; все годные люди садились на коней, от старого до малого; с ними соединились и полки Ногайские Казыева Улуса, и Султанские, из Азова, Белагорода, с огнестрельным снарядом. Наступала весна, всегда опасная для южной России; а Царская Дума не тревожилась, выслав в начале апреля знатных Воевод к нашей обыкновенной береговой рати: Князя Мстиславского, Ноготкова, Трубецких, Голицына, Федора Хворостинина, в Серпухов, Калугу и в другие места. Еще в Мае разъезды наши не встречали ни одного Татарина на берегах Донца Северского и Боровой: видели только следы зимнего кочевья и юрты оставленные. Но 26 июня прискакали в Москву гонцы с вестию, что степь покрылась тучами Ханскими; что не менее ста пятидесяти тысяч Крымцев идет к Туле, обходя крепости, нигде не медля, не рассыпаясь для грабежа. Годунову надлежало оказать всю бодрость своего духа и загладить оплошность: в тот же час послали указы к Воеводам всех степных крепостей, велели им спешить к Серпухову, соединиться с Князем Мстиславским, чтобы встретить Хана в поле. К несчастию, главное войско наше стояло тогда в Новегороде и Пскове, наблюдая Шведов; оно не могло приспеть к решительной битве: о нем уже не думали. Объявили Москву в осаде; поручили блюсти Дворец Государев Князю Ивану Михайловичу Глинскому, Кремль Боярину Князю Дмитрию Ивановичу Шуйскому, Китай Голицину, Белый город Ногтеву-Суздальскому и Мусе Туренину. 27 июня сведали о быстром стремлении неприятеля к столице, уверились в невозможности соединения всех полков на берегах Оки до прихода Ханского и переменили распоряжение: велели Мстиславскому идти к Москве, чтобы пред ее священными стенами, в виду храмов и палат Кремлевских, в глазах Царя и Царицы, за Веру, за отечество сразиться с неверными. В ободрение народу разглашали, что мы, оставляя берега Оки, заманиваем неприятеля в сети и хотим внутри России истребить его совершенно. В самом деле сие отступление прибавляло к береговому войску еще несколько тысяч лучших ратников Московских, благородную дружину Государеву, знатных Дворян и детей Боярских, кроме вооруженных граждан: давало нам важный перевес в силах и выгоду биться под стенами неодолимыми, под громом тяжелого огнестрельного снаряда, ужасного для варваров. Надлежало единственно взять меры, чтобы Хан не ввергнул огня и разрушения в недра столицы, как сделал Девлет-Гирей в 1571 году: для того с удивительною скоростию укрепили предместие за Москвою-рекою деревянными стенами с бойницами; обратили монастыри в твердыни: Даниловский, Новоспасский, Симонов; назначили стан войску верстах в двух от города, между Калужскою и Тульскою дорогою; соорудили там дощатый подвижный городок на колесах и церковь Св. Сергия, где поставили икону Богоматери, бывшую с Димитрием в Донской битве; пели молебны, обходили всю Москву с крестами и с нетерпением ждали Мстиславского. 29 июня сей Воевода выступил из Серпухова, оставив на Оке малочисленную стражу, и ночевал на Лопасне, среди высоких курганов, славных памятников незабвенной победы 1572 года: шел тот же неприятель; но Россия уже не имела Воротынского! 1 июля, ввечеру, полки расположились на лугах Москвы-реки, против села Коломенского, а Воеводы спешили к Государю с донесением и для совета; возвратились в следующее утро и ввели полки в изготовленный для них стан, против монастыря Даниловского. В тот день сам Государь приехал к войску, осмотрел его, жаловал Воевод и всех людей ратных милостивыми словами, спрашивал их о здравии, не оказывая робости, изъявляя надежду на Бога и на своих добрых россиян.